Świątynia wzniesiona w XIV wieku, wówczas za południową granicą miejskich murów. Pierwotnie była to wyłącznie skromna kaplica szpitalno-cmentarna, zbudowana z kamieni narzutowych i cegły. Na wzgórzu Żalnik, na którym wybudowano ten przybytek, zmarłych chowano właściwie od zarania dziejów.
Poważną modernizację kościół św. Mikołaja przeszedł w XVI stuleciu, kiedy to znacznie powiększono główną halę, a eliptyczne prezbiterium zwrócono w kierunku wschodnim. Tzw. orientowanie to nawiązanie do biblijnych przepowiedni, wg. których przy ponownym przyjściu Mesjasza na Ziemię “błyskawica zabłyśnie na wschodzie, a świeci aż na zachodzie, tak będzie z przyjściem Syna Człowieczego”.
Kolejnym charakterystycznym elementem konstrukcji stała się wieża, postawiona na planie pięciokąta. Wyjątkowe jest zwłaszcza zwieńczenie dzwonnicy - dachówki z gontowych deskach mają przypominać rybie łuski.
Od 1534 r. do zakończenia II Wojny Światowej w kościele św. Mikołaja modlili się i odprawiali swoje obrzędy protestanci. W 1945 r. budynek stracił gospodarzy. Niszczony i dewastowany zabytek, dopiero w 1966 r. został wyremontowany i przystosowany na potrzeby Muzeum Regionalnego. Większość ocalałych sprzętów i dekoracji trafiła do katedry św. Jana Chrzciciela. W 1992 r. muzeum zamknięto, a dwa lata później świątynię przejęli katoliccy duchowni.
Kościół św. Mikołaja stanowi filię kamieńskiej parafii św. Ottona.
XIV-wieczny zabytek z charakterystyczną dzwonnicą, zbudowany jako cmentarna kaplica na wzgórzu Żalnik. Od tego czasu gotycki, wzniesiony z kamieni narzutowych i cegieł kościół św. Mikołaja w Kamieniu Pomorskim kilkukrotnie przebudowywano. Zmieniało się też przeznaczenie przybytku, który był m.in. siedzibą muzeum. Katolicką świątynią stał się ponownie w 1994 r.